Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар деганда ерлар ва сув кенгликлари (акваториялар)нинг устувор экологик, илмий, маданий, эстетик, санитария соғломлаштириш аҳамиятига молик қисмлари тушунилади. Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар деб аталашининг асосий сабаби шундаки, бу ҳудудлар ноёб ўсимлик ва ҳайвонот дунёсини, минерал сувлар ҳамда табиат ёдгорликларини сақлаш учун ўта экологик, илмий, маданий, эстетик, санитария соғломлаштириш аҳамиятига эгадир. Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерлари деганда эса давлатнинг тегишли органлари томонидан қонунда белгиланган тартибда табиатни муҳофаза қилиш, соғломлаштириш, рекреация, тарихий-маданий мақсадлар учун ажратиб берилган ер майдонлари тушунилади.
Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерларининг ҳуқуқий ҳолати Ўзбекистон Республикасининг Ер кодекси, «Алоҳида муҳофаза этиладиган табиий ҳудудлар тўғрисида»ги, «Табиатни муҳофаза этиш тўғрисида»ги қонунлари ҳамда Давлат қўриқхоналари, Давлат миллий табиат боғлари, Давлат буюртма қўриқхоналари, Давлат табиат ёдгорликлари, ботаника боғларининг Низомларида белгиланган. Ушбу меъёрий ҳужжатлар алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерларини бериш тартиби, фойдаланиш мақсадлари, муҳофаза этиш чора-тадбирлари, ердан фойдаланувчиларнинг ҳуқуқ ва мажбуриятлари, ушбу тоифа ерларни бошқариш каби масалаларни тартибга солади.
Алоҳида муҳофаза этиладиган табиий ҳудудлар ерларининг ҳуқуқий ҳолати ушбу ҳудудлардан фойдаланиш ва уларни муҳофаза этиш мақсадлари ҳамда вазифаларидан келиб чиққан ҳолда белгиланади. Алоҳида муҳофаза этиладиган табиий ҳудудлардан фойдаланиш ва муҳофаза этиш мақсадлари давлат қўриқхоналари, миллий боғлар, ботаника боғлари, курортлар, заказниклар ва бошқаларнинг Низомларида белгиланган бўлади. Шундан келиб чиққан ҳолда алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерларининг ҳуқуқий ҳолатидаги ўзига хос хусусиятларни қуйидагиларда кўриш мумкин:1) Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерлари мамлакатимиз ер фондида мустақил тоифани ташкил этиб, махсус белгиланган мақсадда, тегишли вазифаларни бажариш учун хизмат қилади; 2) Ушбу тоифа ерлар табиатнинг табиий, эстетик, шифобаҳш, маданият, архитектура омилларига эга бўлган ҳудудларида ажратиб берилади; 3) Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерлари хўжалик мақсадларида фойдаланилмайди; 4) Бу тоифа ерлардан ва унинг атрофида жойлашган ерлардан фойдаланиш ва муҳофаза этишнинг алоҳида ҳуқуқий тартиби белгиланади. Масалан, курорт зоналари атрофида унинг даволаш хусусиятига салбий таъсир этувчи фаолият билан шуғулланиш ман этилади; 5) Бу ерларни бошқарувчи органлар турли-туманлиги билан ажралиб туради. Алоҳида муҳофаза ҳудудлари нафақат давлат органлари, балки жамоат органлари билан ҳам бошқарилиши мумкин; 6) Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерларидан доимий фойдаланувчи субъектлар бўлиб фақат корхона, муассаса ва ташкилотлар, яъни юридик шахслар ҳисобланадилар. Фуқаролар эса фақат иккиламчи ердан фойдаланувчилар бўлишлари мумкин; 7) Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерлари ижарага берилиши мумкин эмас; 8) Ушбу тоифа ерлардан фойдаланувчилар ер солиғи тўлашдан озод қилинадилар; 9) Алоҳида муҳофаза этиладиган ҳудудлар ерлари давлат мулки ҳисобланади, шунинг учун улар олди-сотди қилиниши, гаров, совға, ҳадя ёки бошқа турдаги айирбошлаш объекти бўлиши мумкин эмас.
Ўзбекистонда айни вақтда 8 та давлат қўриқхоналари, 2 та миллий боғ, битта экомарказ, битта биосфера резервати, 10 та давлат буюртмахоналари, 5 та табиат ёдгорлиги ҳудудлари фаолият кўрсатмоқда. Бу ҳудудларда миллий ҳамда халқаро “Қизил китоб”ларга киритилган, йўқолиш эҳтимоли бўлган наботот ва ҳайвонот турлари давлат муҳофазасига олинган. Булар орасида қўриқхоналар айниқса муҳим аҳамиятга эга бўлиб, улар қимматли табиий объектлар, ландшафтлар, ноёб ўсимлик ҳамда ҳайвонларнинг ирсий фондини сақлаб қолиш мақсадларига хизмат қилади. Бугунги кунда қўриқхоналар ва миллий боғлар ходимлари нафақат ўз ҳудудидаги табиий бойликларни асраш, балки аҳоли ўртасида муҳофаза этиладиган табиат бойликларининг инсонлар учун нечоғли муҳимлигини тушунтириш, атроф-муҳит озодалиги ва биохилма-хилликни сақлаш билан боғлиқ тарғибот-ташвиқот ишларини ҳам олиб боришмоқда.
Республикамизнинг Оролбўйи минтақалари ва бошқа экологик муаммоли ҳудудлар биохилма-хиллигини сақлашга давлат томонидан алоҳида эътибор қаратилмоқда. Шунингдек, бу фаолиятга ҳисса қўшиш мақсадида қатор мамлакатлар ва хорижий ташкилотлар ҳам кўмак кўрсатмоқда.
2011 йилнинг 26 август куни Ўзбекистон Республикаси Ҳукуматининг 243-сонли Қарори билан 68717,8 гектар майдонга эга Қуйи-Амударё давлат биосфера резервати ташкил этилди. Мазкур резерват “Бадай-тўқай” давлат қўриқхонаси базасида ташкил этилди. Биосфера резервати биологик хилма-хиллик омиллари ҳамда биологик ресурслардан фуқаролар ва хўжалик юритувчи субъектлар манфаатлари йўлида улардан оқилона ва барқарор фойдаланиш фаолиятини назорат қилади.